宫颈妊娠病因尚不完全明确，可能与子宫解剖结构异常（先天性宫颈发育异常、后天子宫手术史致子宫内膜损伤或宫腔粘连等）、内分泌失调（激素水平异常变化致受精卵正常运输和着床受影响）、受精卵游走（输卵管蠕动功能异常或周围炎症致受精卵在输卵管内停留时间长而向宫颈管迁移着床）、辅助生殖技术相关因素（胚胎移植操作不当、促排卵药物使用致激素水平剧烈变化等）相关。
子宫解剖结构异常：先天性宫颈发育异常可能影响受精卵的正常着床位置。例如，宫颈过长、过短或宫颈形态异常等情况，可能使受精卵难以种植在正常的宫腔部位，而种植到宫颈管内。一些后天的子宫手术史，如剖宫产术后、多次人工流产术等，可能导致子宫内膜损伤或宫腔粘连，改变了宫腔内的微环境，使得受精卵向宫颈管迁移着床。剖宫产术后子宫瘢痕处可能存在缺陷，影响宫腔内环境的稳定性，增加宫颈妊娠的发生风险；多次人工流产会损伤子宫内膜，使子宫内膜变薄，受精卵为了寻找合适的着床部位，可能转移到宫颈管着床。
内分泌失调：体内激素水平的异常变化可能与宫颈妊娠的发生有关。雌激素和孕激素的平衡失调会影响受精卵的正常运输和着床。例如，雌激素水平过高可能促进宫颈局部组织的生长，不利于受精卵在宫腔内着床，而更倾向于在宫颈管着床；孕激素水平不足时，子宫内膜的容受性可能发生改变，也可能导致受精卵着床位置异常。女性在一些特殊生理时期，如围排卵期、围绝经期等，激素水平波动较大，此时发生宫颈妊娠的风险可能增加。
受精卵游走：受精卵在输卵管内的游走时间过长，当到达子宫腔时已经失去了种植在宫腔内的最佳时机，而种植到宫颈管内。输卵管的蠕动功能异常或输卵管周围的炎症等情况，可能影响受精卵的正常运输速度，导致受精卵在输卵管内停留时间延长，增加了向宫颈管迁移着床的可能性。例如，输卵管炎会引起输卵管黏膜粘连、管腔狭窄，影响受精卵的运行，使受精卵更易在宫颈管着床。
辅助生殖技术相关因素：随着辅助生殖技术的应用增多，宫颈妊娠的发生率也有一定上升。在辅助生殖过程中，胚胎移植的操作可能影响受精卵在宫腔内的着床位置。例如，胚胎移植时移植管放置位置不当、子宫收缩异常等因素，可能导致胚胎种植在宫颈管内。此外，促排卵药物的使用可能导致体内激素水平的剧烈变化，影响宫颈局部和宫腔内的环境，增加宫颈妊娠的发生风险。对于接受辅助生殖技术的女性，尤其是有多次辅助生殖失败经历的人群，需要更加密切关注宫颈妊娠的发生可能。
