胎儿畸形受遗传、环境、母体、生活方式等多因素影响，遗传因素中染色体异常及高龄孕妇易致胎儿染色体畸形；环境因素里化学物质、物理因素、生物因素可增加胎儿畸形风险；母体因素中营养、疾病、药物不合理使用会引发胎儿畸形；生活方式上孕妇吸烟、酗酒也会提升胎儿畸形发生几率。
环境因素
化学物质：孕妇长期接触某些化学物质可增加胎儿畸形风险。比如长期接触苯、甲醛等有机溶剂，它们可能干扰胎儿正常的细胞分裂、分化过程。工业污染中的铅、汞等重金属，孕妇接触后可通过胎盘影响胎儿发育，导致胎儿神经系统等多系统畸形。一些农药，如有机磷农药，孕妇接触后也可能对胎儿造成不良影响，影响胎儿的生长发育进程，增加畸形发生几率。
物理因素：孕妇受到过量的辐射照射，如在非医学需要的情况下进行X线检查，或者长期处于放射性环境中，辐射会损伤胎儿的遗传物质，影响细胞的正常分裂和胚胎的发育，可能导致胎儿出现先天性畸形，如小头畸形、智力低下等。高温环境也可能对胎儿发育产生不良影响，孕妇长时间处于高温环境中，如洗热水澡时间过长、处于炎热高湿环境等，可能干扰胎儿的正常器官形成过程。
生物因素：孕妇感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等。孕妇在妊娠早期感染风疹病毒，约1/3的胎儿会出现先天性风疹综合征，表现为先天性心脏病、白内障、耳聋等多种畸形；孕妇感染巨细胞病毒可导致胎儿出现小头畸形、智力低下、肝脾肿大等多种畸形情况。
母体因素
营养因素：孕妇孕期营养不均衡可引起胎儿畸形。例如孕妇缺乏叶酸，在妊娠早期缺乏叶酸可导致胎儿神经管畸形，如脊柱裂、无脑儿等。孕妇缺乏维生素A也可能影响胎儿的正常发育，导致胎儿出现眼部、骨骼等方面的畸形。而孕妇摄入过多的维生素A则可能会引起胎儿颅面部、心脏等部位的畸形。
疾病因素：孕妇患有某些全身性疾病也会增加胎儿畸形风险。如孕妇患有糖尿病，未控制好血糖的情况下，胎儿发生畸形的概率明显升高，可能出现心血管畸形、神经管畸形等多种畸形；孕妇患有甲状腺功能减退症，若未得到有效控制，甲状腺激素分泌不足，会影响胎儿的神经系统发育，导致胎儿智力低下等多种畸形情况。
药物因素：孕妇在孕期不合理用药可能导致胎儿畸形。一些药物具有致畸性，如抗肿瘤药物、某些抗癫痫药物等。孕妇在不知情的情况下服用了具有致畸作用的药物，药物可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育过程，引起胎儿器官结构异常等畸形情况。
生活方式因素
孕妇吸烟、酗酒会增加胎儿畸形的发生风险。孕妇吸烟时，烟草中的尼古丁、一氧化碳等有害物质会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的血液循环和氧气供应，干扰胎儿的正常发育，可导致胎儿出现唇腭裂、心血管畸形等多种畸形；孕妇酗酒，酒精会通过胎盘进入胎儿体内，阻碍胎儿的生长发育，造成胎儿酒精综合征，表现为胎儿生长受限、智力低下、面部畸形等多种问题。
