唐氏筛查与无创产前基因检测在检测原理、准确率、适用人群和局限性上有区别，唐氏筛查基于统计学风险评估，检出率等相对低，适用所有希望了解胎儿患唐氏综合征等风险孕妇且易受多种因素干扰、只能筛查常见三体综合征；无创产前基因检测直接检测胎儿遗传物质，检出率较高，适用特定人群但不能替代有创产前诊断且有一定假阳性和假阴性率及对部分染色体异常检测受限。
一、检测原理区别
唐氏筛查：通过抽取孕妇血清，检测母体血清中甲型胎儿蛋白、绒毛促性腺激素和游离雌三醇的浓度，并结合孕妇的预产期、体重、年龄和采血时的孕周等，计算生出先天缺陷胎儿的风险系数。其是基于统计学风险评估，利用孕妇的一些基本信息来推测胎儿患唐氏综合征等染色体异常疾病的概率。
无创产前基因检测：采集孕妇外周血，利用新一代DNA测序技术对母体外周血中的游离DNA片段（包含胎儿游离DNA）进行测序，并进行生物信息分析，从而得出胎儿患染色体非整倍体疾病（如21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征）的风险。它是直接对胎儿的遗传物质进行检测分析。
二、检测准确率区别
唐氏筛查：传统的血清学唐氏筛查检出率大约在60%-70%左右，假阳性率相对较高。例如，对于21-三体综合征，其检出率一般能达到60%-70%，但会有一定比例的孕妇被误报为高风险，而实际胎儿并不患病。不过，现在有联合筛查等更优化的唐氏筛查方法，检出率有所提高，但总体而言低于无创产前基因检测。
无创产前基因检测：对于21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征的检出率较高，一般能达到90%以上。例如，一些大规模的临床研究显示，无创产前基因检测对21-三体综合征的检出率可高达99%左右，但它也存在一定的假阳性和假阴性率，比如对于一些特殊情况的胎儿，可能会出现检测结果不准确的情况。
三、检测适用人群区别
唐氏筛查：适用于所有希望了解胎儿患唐氏综合征等风险的孕妇，一般建议怀孕15-20周左右的孕妇进行检测。对于年龄大于35岁的高龄孕妇，虽然理论上也可以进行唐氏筛查，但由于其本身属于唐氏综合征的高风险人群，唐氏筛查的准确性相对降低，这时候可能更倾向于选择无创产前基因检测或羊水穿刺等进一步的检测方法。
无创产前基因检测：适合于血清学筛查显示为常见染色体非整倍体临界风险（如1/270＜唐氏综合征风险值≤1/1000）的孕妇；有介入性产前诊断禁忌证者（如先兆流产、发热、出血倾向、慢性病原体感染活动期、孕妇Rh阴性血型等）；错过血清学筛查最佳时间，但仍希望进行产前筛查的孕妇等。不过，对于孕周小于12周的孕妇，由于外周血中胎儿游离DNA含量较低，可能会影响检测结果的准确性，一般不建议进行无创产前基因检测；对于双胎妊娠的孕妇，无创产前基因检测的准确性也会受到一定影响，相对而言羊水穿刺可能是更合适的选择。
四、检测局限性区别
唐氏筛查：容易受到多种因素的干扰，比如孕妇的体重、孕周计算不准确、是否患有某些疾病（如糖尿病等）等，都可能影响唐氏筛查的结果准确性。而且它只能筛查常见的三体综合征，对于其他一些染色体微缺失微重复等疾病无法检测出来。
无创产前基因检测：虽然检测准确率相对较高，但它也有一定的局限性。它不能替代羊水穿刺等有创产前诊断方法，因为它对于一些特殊的染色体异常情况，如某些染色体微缺失微重复综合征等，可能无法准确检测；另外，无创产前基因检测也存在一定的假阳性和假阴性率，虽然概率较低，但如果检测结果提示高风险，还需要进一步通过羊水穿刺等有创检查来确诊。例如，有极少数情况下，无创产前基因检测提示低风险，但实际上胎儿存在一些较复杂的染色体异常情况，而羊水穿刺等有创检查可以更准确地诊断。
