胎儿畸形受遗传因素如染色体异常、单基因遗传病影响，环境因素中化学物质里工业污染物、药物、有机溶剂可致畸形，物理因素中辐射、高温会增加风险，母体因素里营养因素叶酸缺乏等或过剩、其他营养素缺乏或过剩及疾病因素里糖尿病、感染性疾病会引发胎儿畸形。
染色体异常：染色体数目或结构的异常是导致胎儿畸形的重要遗传因素之一。例如21-三体综合征（唐氏综合征），是由于21号染色体多了一条，这是最常见的染色体疾病相关的胎儿畸形。研究表明，高龄孕妇（年龄≥35岁）生育染色体异常胎儿的风险明显增加，因为随着孕妇年龄的增长，卵子质量下降，染色体不分离等情况发生的概率升高。父母一方如果是平衡易位携带者，也会将异常的染色体传递给胎儿，从而导致胎儿畸形。
单基因遗传病：某些单基因的突变可引起胎儿畸形。例如地中海贫血，是由于珠蛋白基因缺陷导致的遗传性溶血性贫血，如果父母双方都是地中海贫血基因携带者，他们的子女有一定概率患重型地中海贫血，出现胎儿发育异常等情况。这类疾病有特定的遗传方式，如常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X连锁遗传等，不同的遗传方式会影响胎儿畸形的发生概率和表现形式。
环境因素
化学物质
工业污染物：长期接触铅、汞等工业污染物的孕妇，胎儿发生畸形的风险较高。例如铅污染，孕妇接触铅后，铅可以通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常发育，可能导致胎儿智力低下、生长发育迟缓以及多种器官的畸形。
药物：一些药物在孕期使用不当会导致胎儿畸形。如孕期使用甲氨蝶呤，这是一种抗肿瘤药物，也可用于治疗某些自身免疫性疾病，它会影响胎儿的细胞分裂和发育，导致胎儿出现多种畸形，包括颅骨发育不全、面部畸形等。孕妇在不知情的情况下服用了这类致畸药物，或者在孕期因疾病治疗需要使用了具有致畸性的药物而未采取有效的防护措施，都可能引起胎儿畸形。
有机溶剂：长期接触苯、甲醛等有机溶剂的工作环境中的孕妇，胎儿畸形的发生率会升高。苯可以通过呼吸道和皮肤进入人体，然后通过胎盘影响胎儿，干扰胎儿的造血系统和神经系统发育，增加胎儿出现先天性贫血、智力发育障碍以及肢体畸形等风险。
物理因素
辐射：孕妇在孕期受到过量的辐射，如接受X线检查（尤其是腹部或盆腔的X线检查）、长期处于核辐射环境等，会增加胎儿畸形的发生概率。辐射会损伤胎儿的细胞DNA，影响细胞的正常分裂和分化，导致胎儿器官发育异常。例如，在胚胎发育早期（受孕后8-15周是器官形成的关键时期）受到辐射，可能导致胎儿的心脏、大脑、四肢等重要器官发育畸形。
高温：孕妇长时间处于高温环境中，如泡热水澡时间过长、长期处于高温车间工作等，可能会影响胎儿的发育。高温会干扰胎儿的体温调节机制，影响细胞的代谢过程，从而增加胎儿神经管畸形等的发生风险。比如，孕妇体温持续高于38.5℃超过一定时间，就可能对胎儿的神经系统发育产生不良影响。
母体因素
营养因素
叶酸缺乏：孕期叶酸缺乏是导致胎儿神经管畸形的重要原因之一。神经管在胚胎发育早期（受孕后24-28天）开始形成，叶酸参与DNA的合成和甲基化过程，缺乏叶酸会导致神经管闭合不全，出现无脑儿、脊柱裂等畸形。一般建议孕妇从孕前3个月开始补充叶酸，每天补充400-800微克，以降低胎儿神经管畸形的发生风险。
其他营养素缺乏或过剩：孕期维生素A缺乏会影响胎儿的视觉、骨骼等发育，导致胎儿出现眼部畸形、颅骨畸形等；而维生素A过量也会对胎儿有毒性作用，引起胎儿畸形。此外，孕期锌缺乏可能影响胎儿的生长发育和器官形成，导致胎儿出现发育迟缓、皮肤病变等畸形；但锌过剩也可能干扰胎儿的正常代谢，增加畸形风险。
疾病因素
糖尿病：孕妇患有未控制的糖尿病，尤其是孕前就患有糖尿病或者孕期糖尿病控制不佳，会增加胎儿畸形的发生概率。高血糖环境会影响胎儿的代谢，导致胎儿过度发育（巨大儿），同时还会影响胎儿的器官发育，增加胎儿出现心血管畸形、神经管畸形等的风险。例如，胎儿心脏的发育在高血糖环境下容易受到干扰，导致先天性心脏病等畸形的发生。
感染性疾病：孕期感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，会引起胎儿畸形。风疹病毒感染主要在孕期早期（怀孕前3个月内）感染孕妇，可导致胎儿出现先天性白内障、耳聋、心脏畸形等；巨细胞病毒感染可引起胎儿智力低下、小头畸形、肝脾肿大等多种畸形；孕妇在孕期感染单纯疱疹病毒，尤其是在分娩时感染，可能导致胎儿出现皮肤疱疹、脑炎等畸形。
