恐惧症的发生受遗传、神经生物学、环境及其他疾病等多种因素影响。遗传具倾向，基因影响神经递质与回路；神经生物学上大脑结构功能异常、神经递质失调，不同年龄段、性别、生活方式有差异；环境中早期创伤经历、社会心理因素（社会文化、家庭环境等）起作用；一些躯体疾病也可引发恐惧症，不同年龄疾病患者影响不同。
神经生物学因素
大脑结构与功能异常：
杏仁核在恐惧情绪的产生和调节中起着关键作用。恐惧症患者的杏仁核可能存在结构和功能的异常。例如，研究发现社交恐惧症患者的杏仁核对社交相关刺激的反应过于强烈。海马体也与恐惧记忆的形成和存储有关，恐惧症患者的海马体可能会影响恐惧记忆的处理，导致恐惧记忆难以消退。
前额叶皮层与杏仁核之间存在神经环路，前额叶皮层具有调节杏仁核活动的功能。恐惧症患者的前额叶皮层活动可能减弱，无法有效地抑制杏仁核的过度兴奋，从而使恐惧反应难以控制。在不同年龄段的人群中，神经生物学因素的影响可能有所不同。儿童的大脑还在发育过程中，如果前额叶皮层等相关脑区的发育受到遗传或早期环境因素的影响，可能更容易出现神经生物学方面的异常，进而增加恐惧症的发病风险。
神经递质失调：
5-羟色胺、去甲肾上腺素等神经递质与恐惧情绪密切相关。5-羟色胺功能不足可能会导致个体更容易产生焦虑和恐惧情绪。例如，研究发现社交恐惧症患者脑内5-羟色胺的代谢和功能存在异常。去甲肾上腺素系统的过度活跃也可能参与恐惧症的发生，它可以增强个体对危险刺激的警觉性，当去甲肾上腺素系统失调时，会使个体对一些本来不太危险的刺激产生过度的恐惧反应。在不同性别方面，女性可能由于激素水平等因素的影响，神经递质系统更容易出现波动，从而相对男性可能更易受到神经递质失调导致恐惧症的影响。生活方式方面，长期的压力状态可能会影响神经递质的平衡，例如长期高压力的生活方式可能导致5-羟色胺分泌减少，增加恐惧症的发病几率。
环境因素
早期经历：
童年时期的创伤性经历是导致恐惧症的重要环境因素之一。例如，儿童时期遭受过虐待、忽视或者经历过严重的意外事件，如车祸、被动物攻击等，都可能使儿童在以后的生活中对相关的刺激产生恐惧。比如，一个儿童在3岁时被狗严重咬伤，那么他在长大后可能会对狗产生强烈的恐惧，形成特定的恐惧症。在不同年龄阶段，早期经历对恐惧症的影响程度不同。幼儿期的大脑发育尚未成熟，早期经历对其神经发育和情绪调节系统的影响更为深远。如果幼儿期经历创伤，可能会在神经环路和神经递质等方面留下长期的影响，增加日后患恐惧症的可能性。
社会心理因素：
社会文化因素会影响个体对恐惧刺激的认知和反应。例如，在某些文化中，对特定动物或事物的恐惧观念可能通过社会传递的方式影响个体。在一些社交恐惧症较为常见的文化环境中，社会对社交表现的高期望可能会使个体更容易产生社交恐惧。家庭环境也对恐惧症的发生有重要影响。如果家庭中父母过度保护，孩子可能缺乏面对恐惧情境的机会和应对能力，从而在面对新的刺激时更容易产生恐惧。在性别方面，女性可能在社会文化中面临更多的社交评价等压力，更容易受到社会心理因素的影响而发展出社交恐惧症等。生活方式中，如果个体长期处于孤独、缺乏社交支持的状态，也可能增加患恐惧症的风险。
其他因素
疾病因素：
一些躯体疾病也可能引发恐惧症。例如，患有癫痫的患者，在癫痫发作前后可能会对发作时的情境产生恐惧，从而发展为特定的恐惧症。甲状腺功能亢进等内分泌疾病可能会影响神经系统的功能，导致个体出现焦虑和恐惧情绪，进而可能引发恐惧症。在不同年龄的疾病患者中，疾病对恐惧症的影响有所不同。儿童如果患有躯体疾病，由于其身心发育尚未成熟，疾病带来的不适和对疾病的担忧可能更容易转化为恐惧症。
