恐惧症的病因涉及遗传、神经生物学、心理社会等多方面因素。遗传具一定倾向，不同类型遗传易感性模式不同；神经生物学上大脑结构（杏仁核、前额叶皮层）与功能异常，神经递质（5-羟色胺、去甲肾上腺素）失调；心理社会因素中童年经历（创伤性经历、过度保护或忽视）、社会学习因素（观察学习、社交环境影响）起作用，且年龄与性别在各因素影响下有不同体现。
年龄与性别影响：在不同年龄阶段，遗传因素对恐惧症的影响可能会有所不同。儿童期如果家族中有恐惧症患者，相对来说更易受到遗传因素的潜在影响，但儿童期的恐惧可能更多与后天环境因素相互作用。对于性别，目前研究显示在恐惧症的遗传易感性上并没有明显的性别差异，但在恐惧症的表现和发病后的应对等方面可能存在性别差异，不过这不是由遗传直接导致的，而是与社会文化等因素共同作用的结果。
神经生物学因素
大脑结构与功能异常
杏仁核：杏仁核在恐惧情绪的加工中起着关键作用。恐惧症患者的杏仁核可能存在结构和功能异常。例如，有研究发现特定恐惧症患者在面对恐惧相关刺激时，杏仁核的激活程度异常增强且持续时间过长。杏仁核主要参与对危险信号的检测、评估和恐惧情绪的产生，其功能异常会导致个体对原本可能并不构成严重威胁的刺激过度敏感，从而引发恐惧反应。
前额叶皮层：前额叶皮层与杏仁核之间存在神经环路，对杏仁核的活动具有调节作用。恐惧症患者的前额叶皮层可能存在功能障碍，尤其是眶额皮层和背外侧前额叶皮层。眶额皮层主要参与情绪的调节和决策过程，背外侧前额叶皮层参与对恐惧相关信息的认知控制和抑制。当前额叶皮层对杏仁核的调控功能减弱时，就无法有效地抑制杏仁核过度的恐惧反应，进而导致恐惧症的发生。
神经递质失调
5-羟色胺：5-羟色胺系统与情绪调节密切相关。血清素转运体基因的多态性可能影响5-羟色胺的转运和再摄取，从而导致5-羟色胺功能异常。例如，5-羟色胺转运体基因短等位基因携带者可能更容易出现恐惧症等情绪障碍。5-羟色胺水平降低可能会影响大脑对情绪的调节能力，使得个体更容易陷入恐惧状态，因为5-羟色胺在维持情绪稳定、调节焦虑和恐惧情绪方面发挥着重要作用。
去甲肾上腺素：去甲肾上腺素系统参与机体的应激反应和情绪调节。恐惧症患者体内去甲肾上腺素的代谢和功能可能出现异常。当个体面临恐惧刺激时，去甲肾上腺素能系统会被激活，促使机体产生应激反应。如果去甲肾上腺素系统功能失调，就会导致应激反应过度或不足，进而引发恐惧情绪的异常放大或难以消退，例如在惊恐障碍这种特定恐惧症类型中，去甲肾上腺素系统的异常可能起到关键作用。
年龄与性别关联：在儿童时期，神经生物学系统尚在发育过程中，神经递质的水平和大脑结构的功能都不如成人稳定，所以儿童期恐惧症的神经生物学机制可能与成人有所不同，更多地表现为神经发育相关的异常。对于性别，虽然神经生物学基础本身没有明显性别差异，但在成年后，由于社会角色、压力应对方式等因素的不同，可能会在恐惧症的神经生物学表现和发病机制的具体呈现上有所不同，比如女性可能在面对某些社交相关恐惧刺激时，由于激素水平等因素的影响，神经生物学反应可能与男性有所差异，但这并不是神经生物学因素本身的性别差异导致的，而是与其他社会心理因素共同作用的结果。
心理社会因素
童年经历
创伤性经历：儿童时期如果经历过严重的创伤性事件，如被动物攻击、遭遇车祸、目睹亲人意外离世等，很容易引发恐惧症。例如，一个儿童在3岁时被狗严重咬伤，之后可能会对狗产生强烈的恐惧，这种创伤性经历会在大脑中留下深刻的记忆痕迹，当再次接触到类似狗的刺激时，就会触发恐惧反应。这种早期的创伤性经历会改变个体的心理认知和情绪调节机制，使得他们对特定的刺激形成过度的恐惧条件反射。
过度保护或忽视：过度保护的家庭环境可能会使儿童缺乏面对挑战和应对恐惧的机会，导致他们在面对新的刺激时更容易产生恐惧。例如，家长对孩子过度担心，总是阻止孩子接触可能会让他们害怕的事物，孩子就没有机会学习如何应对恐惧，当他们在成长过程中不得不面对这些事物时，就会表现出强烈的恐惧反应。而忽视的家庭环境则可能导致儿童在心理发展过程中缺乏必要的情感支持和安全感培养，使得他们对周围环境更加敏感和恐惧，因为他们没有从家庭中获得足够的信任和安慰来建立应对恐惧的心理基础。
社会学习因素
观察学习：个体可以通过观察他人的行为而学习恐惧反应。例如，一个孩子看到母亲对蜘蛛表现出极度恐惧的反应，那么这个孩子可能会在潜意识中模仿母亲的行为，从而对蜘蛛产生恐惧。观察学习是儿童学习恐惧情绪和恐惧行为的重要方式之一，他们通过观察身边重要他人（如父母、同伴等）对特定刺激的反应，来形成自己对该刺激的恐惧态度。
社交环境影响：社会文化因素也会对恐惧症的形成产生影响。在一些文化环境中，可能对某些特定事物或情境存在过度强调恐惧的倾向，从而使得生活在其中的个体更容易受到影响而产生恐惧症。例如，在一些地区对某种疾病的宣传过度渲染，可能会导致当地人群对该疾病相关的事物产生恐惧。另外，同伴关系也会影响恐惧症的发生，如果在学校等社交环境中，个体因为某些社交行为被同伴嘲笑或排斥，可能会导致其产生社交恐惧症等问题。
年龄与性别体现：在儿童阶段，童年经历对恐惧症的影响更为直接和关键，因为儿童的心理发展尚未成熟，认知和情感调节能力较弱，更容易受到早期创伤性经历和家庭环境的影响。对于性别，在童年时期，男孩和女孩可能因为社会期望和家庭教养方式的不同，在恐惧经历和恐惧对象上有所差异。例如，男孩可能更多地因为户外活动中的创伤性经历产生对某些自然事物（如蛇、高的地方等）的恐惧，而女孩可能更多地因为社交方面的经历（如被同伴孤立等）产生社交恐惧倾向，但这并不是绝对的，只是相对常见的情况。在成年后，性别因素可能更多地通过社会心理因素中的社会角色、压力源等方面来影响恐惧症的发生和表现，比如女性可能在面对职场中的性别歧视等社会压力时，更容易产生特定的恐惧情绪或发展为恐惧症，而男性可能在面对一些竞争相关的压力时出现相应的恐惧反应，但这些都是社会心理因素在不同性别上的具体体现，而不是性别本身直接导致恐惧症的病因，而是与社会文化等因素共同作用的结果。
