巧克力囊肿的患者可以使用激素类药物和非甾体抗炎药，阻止病情发展。
1、激素类药物
对于病灶较小、症状较轻、无生育要求的患者，可以在医生的指导下使用避孕药，如左炔诺孕酮片、屈螺酮炔雌醇片等改善痛经的情况；服用促性腺激素释放激素激动剂，如亮丙瑞林、醋酸丙氨瑞林等，可以使卵巢激素水平下降，将体内雌激素降至绝经期水平，延缓疾病复发，增加受孕几率；患者还可以服用达那唑、孕三烯酮、米非司酮等治疗巧克力囊肿。
2、非甾体类抗炎药
此类药物如吲哚美辛、布洛芬缓释胶囊等，可以帮助抗炎、止痛、退热等，缓解疾病引起的发热、腹痛，但是不能阻止病情发展。
