巧克力囊肿如果发生破裂，立即进行手术治疗。
巧克力囊肿破裂，囊肿内容物流入腹腔，刺激腹膜，有可能引起化学性腹膜炎，引起活动性出血，巧克力囊肿的内容物不仅可以引起疼痛，还可以引起腹腔器官的粘连，患者会出现疼痛剧烈、面色苍白的情况，甚至有可能引起休克，因此必须进行急诊手术。
术中应该将流入盆腹腔的内容物冲洗干净，以防造成感染，手术方式应该根据患者感染情况而决定，对于破裂创伤较小、年龄较小、有生育要求的患者应该彻底切除病灶、将粘连的器官松解，清除囊液，剥离囊壁，缝好创口，保留子宫和卵巢的正常功能；对于囊肿破裂创口较大、无生育要求的患者，应该彻底切除子宫，避免复发，患者术后应该多卧床休息，避免重体力劳动和运动，以防伤口撕裂，进食高蛋白、营养丰富的食物，有利于伤口愈合。
