巧克力囊肿没有具体的自愈方法，只能通过药物和手术进行治疗。
巧克力囊肿不属于自限性疾病，所以不会自愈，等到患者绝经后，随着体内雌孕激素水平下降，部分体积较小的巧克力囊肿可能会萎缩消失，育龄期女性受到雌激素的影响，巧克力囊肿可能会继续发展，甚至出现癌变的现象，发展为卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌。
对于症状较轻、囊肿较小的患者可以定期随访观察，如果出现下腹部疼痛、月经异常等症状，可以服用非甾体类抗炎药如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等，能够起到缓解腹痛的作用；激素类药物如醋酸甲羟孕酮片、米非司酮片等，可以起到一定抑制卵巢的功能，阻止病情发展。如果囊肿持续增大，用药后症状没有缓解，可以通过手术切除囊肿，患者若无生育要求，可以切除子宫和双附件，以防病情复发。
