脑发育不良与脑瘫首先病因存在区别。脑发育不良的具体病因尚未明确，多考虑与中枢神经系统先天畸形、基因遗传等因素有关；而脑瘫病因明确，主要与早产、产伤、缺氧、脑炎、脑外伤、新生儿颅内出血等因素有关。其次，两者的临床表现存在不同。脑发育不良的患者会表现为运动障碍、姿势障碍、语言障碍等；而脑瘫患者会出智力低下、感知觉异常、精神行为异常、癫痫发作等症状。此外，两者的病情预后不同。脑发育不良预后较好，一般经过有效治疗，可以改善症状表现，提升生活质量；而存在智力障碍的脑瘫患者病情预后较差，严重的脑瘫可能会影响存活时间。
