珍珠状阴茎丘疹一般不需要特殊治疗，因为不会引起功能上的障碍。如果患者局部出现炎症或是坚持要治疗，可以通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式处理。
1、药物治疗
局部出现潮红、瘙痒、渗出等症状时，可以使用硼酸溶液、乳酸依沙吖啶溶液湿敷或浸泡。局部继发细菌感染时，可以使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物涂抹在患处。
2、物理治疗
常用的方式有液氮冷冻、激光等，通过低温或高温可以使病变处的表皮、组织发生变性、坏死，从而改善皮损状况。
3、手术治疗
伴有包皮过长者，可以通过包皮环切术治疗，能够减轻局部刺激，减少珍珠状阴茎丘疹的数量。
