错颌畸形的发病原因与遗传因素、环境因素、功能因素、口腔不良习惯等有关。
1、遗传因素
错颌畸形有一定的遗传倾向，如果血缘关系近的亲属有错颌畸形，后代子女的患病几率会明显增高。且染色体数目的增多、减少、移位或是消失都可能会引起多种颅面畸形或者变异。
2、环境因素
环境因素分为先天因素和后天因素。先天因素与妊娠期母体营养不良、妊娠初期患病或是受外界大剂量放射线照射等有关。子宫狭窄导致羊水压力失常、羊膜病变、脐带缠绕、分娩时创伤以及胎儿发育过程中出现发育障碍及缺陷等因素都会造成牙齿大小和形态异常、唇系带异常、多生牙等。后天因素是指出生后可能导致错颌畸形的各种环境因素，如全身性因素、颌面部局部因素、全身疾患及不良习惯等。
3、功能因素
口腔功能出现异常时可能会使颌面部相应结构受到异常刺激，出现结构及形态的异常，出现错颌畸形。
4、口腔不良习惯
儿童吮指、偏侧咀嚼、喜欢咬硬物等口腔不良习惯是造成错颌畸形的主要原因之一。
