化脓性关节炎是否严重，与发病部位、病情程度、是否及时治疗等因素有关。
对于膝关节、肘关节等浅表关节发生化脓性关节炎的患者，由于炎症浸润较浅，病情较为轻微，通过使用青霉素、头孢曲松、萘夫西林等药物或行关节穿刺、关节切开术等方式进行治疗后，炎症大多能得到控制，预后良好，一般不严重。而对于深部关节，如髋关节发生化脓性关节炎时，由于病变部位较深，病情较重，如果未能及时进行上述治疗可能导致骨髓炎、关节脱位，甚至引起关节不可逆性损伤，一般较为严重。
化脓性关节炎稳定期患者应早转移康复治疗师的指导下进行康复治疗，防止关节挛缩，影响正常活动。
