早上起来嘴巴苦可能是胆囊炎、牙周炎、胆汁反流性胃炎等疾病引起的。病因不同，处理方式也不同，具体如下：
1、胆囊炎
胆囊炎会导致胆囊排泄胆汁功能出现异常，引起胆汁淤积。淤积的胆汁可能向上反流进入胃内进而到达口腔，由于胆汁味道较苦，因此表现为早上起来嘴巴苦。
胆囊炎患者可使用氨基苄青霉素、氯林可霉素、头孢呋辛等抗生素进行治疗，能够控制感染，预防菌血症和化脓性炎症的发生。重症患者可考虑行胆囊切除术、胆囊造口术等手术方法进行治疗。
2、牙周炎
牙周炎患者牙齿之间有牙结石存在，结石表面能够吸附大量细菌，细菌在生长过程中会分泌大量苦味物质，因此患者可出现早上起来嘴巴苦的症状。
患者可口服硝基咪唑类、四环素类、青霉素类等抗生素杀灭牙周袋内致病菌，从而改善症状，对于出现耐药的患者，可外用醋酸氯已定溶液进行治疗。
3、胆汁反流性胃炎
胆汁反流性胃炎患者，胆汁会反流至胃部和口腔，从而出现早上起来嘴巴苦的现象。
患者可使用促胃动力药、抑酸剂、胃黏膜保护剂等药物进行治疗。针对幽门螺杆菌感染引起的胆汁反流性胃炎患者，可使用兰索拉唑、果胶铋、甲硝唑、青霉素等药物进行治疗。重症患者考虑行胃空肠Roux-en-Y术、Henley空肠袢替换术等手术方法进行治疗。
