阴茎根部皮肤有黑色肉疙瘩，考虑和尖锐湿疣、毛囊炎、慢性湿疹等原因有关，患者可以针对病因治疗。
1、尖锐湿疣
尖锐湿疣导致患者阴茎根部皮肤有黑色肉疙瘩时，可以外用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、干扰素凝胶等药物治疗。其次，也可通过激光、液氮冷冻等物理方式治疗。
2、毛囊炎
细菌感染阴茎根部皮肤毛囊引起毛囊炎时，局部如果有黑色肉疙瘩存在，也可外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、红霉素软膏等药物治疗，有明显色素沉着者，还可选择激光治疗。
3、慢性湿疹
慢性湿疹导致患者阴茎根部皮肤有黑色肉疙瘩时，可以遵医嘱外用糠酸莫米松乳膏、地塞米松乳膏、氢化可的松乳膏等药物进行治疗，严重者也可通过紫外线光疗的方法进行治疗。
