大骨节病的病因主要包括低硒说、T2毒素说、饮用水有机物中毒学说等。
1、低硒说
大骨节病患者生活环境中，土壤以及食物中硒元素含量明显偏低于非病区，因此，大骨节病的发生可能和低硒有关。
2、T2毒素学说
因为大骨节病的病区主要分布在主食以玉米、小麦、青稞的农业区，且该地区粮食收货时雨量多，以滋生大量真菌。如果储存粮食被某种镰刀菌极其产生毒素代谢物污染，人体进食后也可引发大骨节病。
3、饮用水有机物中毒学说
由于病区饮用水被植物分解残骸以及腐殖质污染，形成有机物污染，人体饮用被污染水后，也可引起慢性中毒，进而引发大骨节病。
