1.脑干脑炎好发于青壮年。半数患者发病前1~4周有上呼吸道感染病史或其他病毒感染病史，起病急骤，早期出现精神症状和意识障碍，并在较短时间内出现双侧颅神经麻痹，长束症状较少。症状和体征较弥散。儿童急性起病者，仍首先考虑脑干胶质瘤。
2.小脑肿瘤小脑蚓部的髓母细胞瘤长向第四脑室时，可压迫脑干，出现类似于脑干肿瘤的症状。早期出现颅内高压症状和小脑性共济失调症，而很少伴有颅神经损害和长束体征。
3.脑干周围的其他肿瘤中脑腹侧的肿瘤需与颅咽管瘤、斜坡脊索瘤、胆脂瘤、天幕裂孔处的脑膜瘤作鉴别；中脑背侧的肿瘤需与松果体区肿瘤相鉴别；向桥脑外侧生长的肿瘤应与听神经瘤鉴别。
4.脑干内其他病变脑干内血管性疾病均起病急骤，在数分钟至数小时内发生并发展至最严重的程度，随时间延长病情可稳定或逐步好转。还需与脑干内血管瘤、囊肿、畸胎瘤、结核瘤、转移性肿瘤鉴别。
