据现有调查研究表明,口腔科疾病中以牙结石、口腔卫生不良和冠周炎口腔毛滴虫阳性率最高,分别为42%和48.8%;牙龈炎、牙周炎和龋齿较高,分别为37.6%和33.7%;而其他如口腔溃疡、牙磨损及釉质发育不全等明显偏低,只有28.1%。
可见口腔毛滴虫与口腔科疾病有密切的关系。也有学者认为口腔毛滴虫在口腔卫生不良及龋齿和牙周炎症部位更容易黏着、聚集,在滴虫寄生部位常伴有大量梭杆菌和螺旋体,而后者在牙周袋及菌斑的细菌中占有相当高的比例。
也有人认为致病菌的繁殖为齿龈内阿米巴、口腔毛滴虫等口腔原虫提供了生存条件,原虫酵解宿主上皮细胞的糖原获得能量,降低了口腔的酸度,又为口腔致病菌提供了合适的生长环境。
另外,曾有呼吸道感染及扁桃体隐窝内查见该虫的报道。