怀孕40天做B超不一定能看到孕囊。一般情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，B超可看到胎芽和胎心搏动。
但孕囊的出现时间因人而异，主要与受孕时间早晚有关。如果月经周期不规律，或者排卵延迟，受孕时间晚，孕囊出现的时间也会相应推迟。此外，孕囊的位置也会影响B超检查的结果。如果孕囊位于子宫角部或宫颈管内，B超也可能无法看到。
需要注意的是，过早做B超检查可能会因为孕囊太小而看不清，还可能会对胚胎造成刺激，引起流产。因此，如果没有特殊情况，不建议过早做B超检查。如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，可以在怀孕6-7周时做B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
如果怀孕40天做B超看不到孕囊，医生可能会建议进行以下检查：
血HCG测定：通过检测血液中HCG的水平，判断是否怀孕，并了解其增长情况。
孕酮测定：了解孕酮水平，有助于判断胚胎的发育情况。
复查B超：如果孕囊持续看不到，或出现腹痛、阴道流血等异常情况，需要进一步复查B超，以排除宫外孕等异常情况。
需要强调的是，每位孕妇的情况都不同，具体的检查和处理方案应根据个人情况而定。如果对怀孕或检查结果有任何疑问，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和指导。同时，孕妇在孕期应保持良好的心态，注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，合理饮食，按时产检。
