新生儿巨细胞病毒感染后是否会留下后遗症，与多种因素有关，不能一概而论。
如果新生儿感染巨细胞病毒后，仅出现轻微的症状，如肝功能异常、听力受损等，经过及时治疗，这些症状通常可以得到缓解，不会留下明显的后遗症。
然而，如果新生儿感染巨细胞病毒的情况较为严重，可能会导致中枢神经系统损害，如小头畸形、脑室周围钙化、脑积水等，还可能会出现脉络膜视网膜炎、肺炎、黄疸等并发症。这些并发症可能会对新生儿的生长发育和健康造成长期影响。
此外，即使新生儿在感染巨细胞病毒后没有出现明显的症状，但病毒可能会长期潜伏在体内，在日后的生长发育过程中，可能会出现智力低下、运动障碍、听力丧失等后遗症。
为了降低新生儿巨细胞病毒感染的风险，孕妇在怀孕期间应注意避免接触可能感染巨细胞病毒的物品或环境，如避免与感染者共用牙刷、毛巾等个人物品，避免接触动物的尿液和粪便等。如果孕妇在怀孕期间感染了巨细胞病毒，应及时就医，并告知医生自己的情况，以便医生采取相应的措施。
对于新生儿，如果怀疑有巨细胞病毒感染，应及时就医，并进行相关的检查和治疗。目前，对于巨细胞病毒感染，主要采用更昔洛韦等抗病毒药物进行治疗。
总之，新生儿巨细胞病毒感染后是否会留下后遗症，需要根据具体情况进行评估。如果怀疑有巨细胞病毒感染，应及时就医，并进行相关的检查和治疗。同时，孕妇在怀孕期间应注意避免感染巨细胞病毒，以降低新生儿感染的风险。
