根尖囊肿不会自己消失，一般常采用药物配合根管治疗，可治愈。
根尖囊肿是由于根尖肉芽肿、慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮残余增生。增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成的囊肿。
根尖囊肿发生后需先消除细菌感染，常用氯己定、过氧化氢容易进行局部抗炎治疗；伴随疼痛者还可使用布洛芬、对乙酰氨基酚等止疼治疗。在感染控制后，进行根管治疗，恢复患牙的正常功能。若感染严重，可使用替硝唑、甲硝唑等口服抗感染治疗。若无法恢复正常的咀嚼功能，可选择拔除患牙，彻底刮除跟尖囊肿。
根尖囊肿治疗后，日常要注意个人口腔卫生的清洁，养成良好的刷牙习惯；避免食用过冷过热的食物，刺激口腔。
根尖囊肿若不及时治疗，可影响正常的咀嚼功能，还可导致其他的口腔疾病发生，建议尽早治疗。
