根尖囊肿最常采用方法是手术治疗。
单个牙的根尖周囊肿手术方式为：患牙根管治疗完成后，行根尖周囊肿刮除术和根尖切除术、根尖倒充填，以保证囊肿能完整切除，防止术后复发。
对于范围较大，已经波及多个邻牙的根尖周囊肿，需行颌骨囊肿切除术，必要时连患牙一并拔除，邻牙术前一般需做根管治疗，术中做根尖切除术及根尖倒充填。
根尖囊肿是慢性根尖周炎的一种病变类型，是牙体疾病中常见的一种。根尖囊肿是由于牙根尖部慢性炎症刺激，造成牙齿发育过程中残留在牙槽骨内的上皮增生，增生的上皮团块中央发生变性、液化，液体不断向内渗出，逐渐形成囊肿，因囊肿包围牙根尖称为根尖周囊肿。
根尖囊肿生长缓慢，多无自觉症状，患牙多因牙髓坏死而出现变色、无光泽等症状；囊肿的大小不定，可由豌豆大到鸡蛋大；小的囊肿牙龈表面多无异常表现，囊肿发展较大时，可见患牙根尖部的牙龈处呈半球状隆起，不红，触之有乒乓球感，有弹性。囊肿过分增大时，牙槽骨吸收并压迫邻牙，可引起邻牙移位和牙根吸收。
