精子畸形率高达99%可能与不良生活方式、感染、精索静脉曲张等因素有关，可根据相关原因采取一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
1、不良生活方式
如果男性长期酗酒、吸烟等，可能会对男性生殖器官造成影响，从而导致精子畸形率升高。
针对这种情况，建议患者及时戒烟、戒酒，加强饮食管理，注意油脂蛋白质、维生素以及锌、硒等微量元素的摄入，有助于降低精子畸形率。
2、感染
如果发生生殖道和生殖腺发生衣原体、支原体等病原体感染，也可能会出现此类情况。
日常生活中，患者应注意个人卫生，适当进行体育锻炼，有助于提高机体抵抗力，避免感染情况进一步加重。同时，可以在医生指导下使用罗红霉素、阿奇霉素等抗生素进行抗感染治疗。
3、精索静脉曲张
如果发生精索静脉曲张，该疾病会导致阴囊局部的温度升高，从而影响睾丸的功能，导致精子畸形率升高。
一旦确诊为精索静脉曲张，且患者有生育要求，可以遵医嘱使用七叶皂苷、谷胱甘肽等药物进行治疗，具有改善精索静脉曲张、改善精液质量的作用。如果病情较为严重，还可以考虑手术治疗，从而消除精索静脉曲张，起到治愈疾病的目的。
