多种原因可能导致输精管堵塞，不同原因治疗方法不一样。
输精管堵塞是男性不育症的重要原因之一，导致其发生的疾病包括：输精管先天发育不良、肿瘤、囊肿、炎症、结核等。治疗输精管堵塞的原则是针对病因进行治疗。
精囊、前列腺肿瘤，或者囊肿等引起的输尿管梗阻通常采用手术治疗，行肿物切除术，术后肿瘤及囊肿对输精管的压迫解除，一般输精管堵塞就会得到缓解。
结核患者应先行口服抗结核药物治疗，在药物治疗后再次评估治疗效果，如果仍然存在堵塞，考虑行手术治疗。
炎症所致的输精管堵塞应先结核分泌物培养结果，行抗感染治疗，在抗感染治疗结束之后，如果效果不佳，再考虑行手术再通。
部分先天输精管堵塞的患者，手术治疗效果较差，可考虑人工授精进行补救。
