慢性结直肠炎没有最好的药，需要根据自身的病因对症用药，一般可使用柳氮磺吡啶、阿莫西林、乳酸菌素片等。慢性结直肠炎可以通过药物治疗、手术治疗，具体如下：
1、药物治疗
可根据细菌培养及细菌药敏试验，选用针对致病菌的抗感染药物，如氟哌酸胶囊、环丙沙星、阿莫西林、柳氮磺吡啶等。还可使用皮质类固醇，常用药为强的松、地塞米松等药物，长期使用激素维持并不能防止复发。如出现胃肠痉挛、肠道菌群失调、便秘等症状，可以使用普鲁本辛、双歧杆菌活菌制剂、西沙必利、乳酸菌素片等药物治疗，药物治疗适用于轻症患者。
2、手术治疗
可采用结直肠全切除术、回直肠吻合术等。前者是指在手术过程中完整地切除病患组织，以及周围的肠管、血管、肠系膜、淋巴组织，降低术后出现复发或者转移的风险。后者是全结肠切除后的小肠断端与直肠吻合重建消化道连续性的术式。多用于家族多发大肠息肉病，有高度恶变倾向需施行手术治疗者。
