巧克力囊肿是否会消失，与囊肿的性质、大小、患者年龄及机体状态等因素有关，不能一概而论，具体分析如下：
1.可能会消失：
生理性囊肿：滤泡囊肿和黄体囊肿多为单侧、直径小于5厘米，壁薄，可在2～3个月内自行消退。
炎症性囊肿：如果巧克力囊肿是由盆腔炎性疾病导致，在积极进行抗感染治疗后，炎症消退，囊肿也可能会消失。
2.不会消失：
子宫内膜异位症：巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，反复出血，形成单个或多个囊肿，这种囊肿具有浸润性，不会自行消失，还会逐渐增大。
较大的囊肿：直径大于5厘米的巧克力囊肿，很难自行消失，需要进行治疗。
绝经后女性：绝经后女性卵巢功能衰退，体内雌激素水平下降，巧克力囊肿失去雌激素的支持，可能会停止生长，但一般不会消失。
需要注意的是，巧克力囊肿可能会引起痛经、性交痛、月经异常等症状，还可能会导致不孕。如果确诊为巧克力囊肿，应及时就医，遵医嘱进行治疗。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。在治疗期间，应注意休息，避免剧烈运动，保持良好的生活习惯，定期复查。
