恶性骨肿瘤一般好发于长骨的骨干部位，如股骨、胫骨和肱骨等，这些部位通常是原发性骨肿瘤或转移性骨肿瘤的高发区。此外，骨盆也是恶性骨肿瘤的常见发生部位之一，其中髂骨、耻骨和坐骨等骨盆骨骼容易受到肿瘤的侵袭。脊柱的椎体部分也是恶性骨肿瘤可能发生的部位，这可能是原发性的，也可能是其他部位恶性肿瘤的转移。
另外，根据肿瘤的性质不同，好发的部位也会有所不同。例如，青少年常见的恶性骨肿瘤——骨肉瘤，好发部位是膝关节周围，如股骨远端、股骨下方、胫骨近端等，这些部位是骨头生长比较活跃的地方。尤文氏肉瘤则好发于骶尾部、骶骨等部位。
