大多数慢性骨髓炎患者，只要经过积极规范化的治疗，都有可能实现治愈。
慢性骨髓炎通常是由于急性化脓性骨髓炎没有得到彻底治疗而反复发作所导致的。在这种情况下，全身症状可能已经基本消失，但局部症状仍然存在，而且往往比较顽固，难以治愈。病程可能会持续数年甚至数十年，主要特征是死骨的形成。慢性骨髓炎的治疗难度主要在于死骨的形成和窦道的存在。死骨为细菌生长提供了场所，而窦道的存在或者长期无法愈合会加重感染。但是，只要能够控制好慢性骨髓炎的症状，然后进行病灶清除、消灭无效腔和闭合伤口，再继续进行抗感染治疗，那么大多数的慢性骨髓炎患者都有可能实现治愈。
对于那些发生在非重要部位的慢性骨髓炎，例如腓骨、肋骨、髂骨翼等部位，治愈后通常不会影响患者的正常功能。但是，对于发生在关节处的慢性骨髓炎，少数患者可能会出现关节障碍，极少数者甚至可能会面临功能丧失的风险。
