新生儿巨细胞病毒感染吃药是否有副作用需要根据具体的情况来分析。
新生儿巨细胞病毒感染，主要由人类巨细胞病毒引发，其典型症状包括黄疸、肝脾肿大、肝功能异常、呼吸窘迫以及间质性肺炎等。在治疗这种感染时，更昔洛韦是首选药物，特别是在治疗症状性先天性巨细胞病毒感染时。
短期使用更昔洛韦时，副作用通常不太明显，但长期应用可能会引发一系列问题。尽管这种药物可以有效地抑制病毒的复制，但它并不能完全消灭病毒。长期使用可能会导致耐药性增强，并可能引发远期毒性和副作用，如粒细胞和血小板减少、肝和肾功能损害，以及胃肠道和神经系统并发症等。
由于巨细胞病毒感染的普遍性、病毒致病的复杂性，以及药物治疗的潜在风险，建议专科医生根据新生儿的具体病情和用药后的反应，谨慎地选择和调整治疗药物。请注意，任何药物都可能存在一定的副作用，因此医生的专业指导是非常重要的。
