肝内胆管癌属于胆管癌的一种，发病原因不清，临床研究发现可能是多种危险因素引起，包括已确定的危险因素、可能的危险因素和胆管癌癌前病变等。
1、已确定的危险因素
包括胆管囊肿、肝胆管结石、胆管-胰管汇合异常、原发性硬化性胆管炎、复发性化脓性胆管炎、病毒性肝炎、华支睾吸虫感染等，会增加患肝内胆管癌的风险。
2、可能的危险因素
如糖尿病、IgG4型胆管炎、HIV感染、环境和职业毒素暴露等，有可能会诱发肝内胆管癌。
3、胆管癌癌前病变
研究还发现若患者存在胆管上皮内瘤变、胆管微小错构瘤、导管内乳头状肿瘤等癌前病变，也有一定几率发展为肝内胆管癌。
