微创头部钻孔有一定风险，但相对于开颅手术风险更低，如果手术过程中误伤脑组织，会增加危险。
头部钻孔微创手术一般为脑钻孔引流术，手术级别多为一级或者二级手术，难度不高，危险性较低。常用于引流脑部的血肿，主要包括慢性硬膜外血肿、慢性硬膜下血肿等。也可以治疗脑室出血、蛛网膜下腔出血、梗阻性脑积水、脑室炎等，引流血性或者炎性脑脊液，控制颅内压升高。
如果是侧脑室钻孔引流术，穿刺过程中可能会刺破皮层，导致皮层出血，比较危险。如果手术过程中操作不当误伤患者的脑实质，可能导致患者出现癫痫、偏瘫、肢体感觉障碍、失语、视力减退等症状。
