单纯做小肠镜一般要住院1-2天，小肠存在病变住院时间可能会延长。
小肠镜一般分为经口小肠镜和经肛小肠镜，经口小肠镜和经肛小肠镜检查一般天内可完成，但是为避免患者持续对患者小肠黏膜产生刺激，多数医院会分2次完成检查，因此单纯小肠镜检查一般住院1-2天即可，但是如果医生在检查过程中发现患者存在不明原因的腹痛、小肠良、恶性肿瘤等情况时，此时可能还需要进行其他检查，住院的时间也会有所延长。
患者进行小肠镜检查之前应禁止饮水和进食，检查时，采取左侧卧位，存在急性胰腺炎、急性胆道感染、腹腔存在广泛粘连的患者不能进行小肠镜检查。
