男性生殖器疱疹的病因和女性并没有区别，其主要病因都是单纯疱疹病毒感染。
单纯疱疹病毒可分为1型和2型，其中90%的生殖器疱疹是由2型单纯疱疹病毒感染所致，而1型单纯疱疹病毒感染后主要引起口腔疱疹，但是可能会通过口-生殖器的方式引起生殖器疱疹，占生殖器疱疹的10%左右。单纯疱疹病毒可种植在包皮、外阴、宫颈、龟头、肛门和口腔黏膜等处，当发生不安全性行为时可引起感染引发生殖器疱疹。此外，劳累、抵抗力下降、皮肤受到损伤容易诱发生殖器疱疹。
男性感染生殖器疱疹后需要及时使用抗病毒药物治疗，继发感染时需要配合使用抗生素或抗真菌药物治疗。
