慢性萎缩性胃炎与浅表性胃炎病变最主要的区别在于胃黏膜的病理改变不同，包括胃黏膜腺体的改变、炎症表现、肠上皮化生、上皮不典型增生等。
1.胃黏膜腺体的改变
慢性萎缩性胃炎存在胃黏膜腺体的萎缩、减少甚至消失，导致胃黏膜变薄；而浅表性胃炎胃黏膜腺体基本正常，无明显的萎缩现象。这是两者较为显著的差异之一。腺体萎缩使得胃的分泌功能受到影响，可能导致胃酸、胃蛋白酶等分泌减少。
2.炎症表现
慢性萎缩性胃炎的炎症多为慢性炎症细胞浸润，程度相对较轻；浅表性胃炎则炎症细胞浸润较为广泛且明显，尤其是在急性发作期。在浅表性胃炎中，炎症反应可能更活跃，引起胃黏膜的充血、水肿等表现。
3.肠上皮化生
慢性萎缩性胃炎常伴有肠上皮化生，即胃黏膜上皮被肠型上皮所替代；而浅表性胃炎一般较少出现肠上皮化生。肠上皮化生被视为胃癌发生的一个重要危险因素，需要密切关注和监测。
4.上皮不典型增生
慢性萎缩性胃炎较易出现上皮不典型增生，特别是在病变较重的情况下；而浅表性胃炎发生上皮不典型增生的几率相对较低。不典型增生意味着细胞形态和结构的异常改变，若进一步发展可能会演变为恶性病变。
