巧克力囊肿复发率较高，约为40%。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，其形成与子宫内膜细胞在卵巢上种植生长有关。即使经过手术或药物治疗去除了现有的囊肿，但很难完全清除所有的异位子宫内膜组织，这些残留的组织在一定条件下可能再次生长和发展，导致复发。同时，不同的手术方式对复发率有一定影响。
保守性手术，即尽量保留卵巢组织的手术，虽然能保留部分卵巢功能，但复发的风险相对较高；而根治性手术，如切除双侧卵巢和子宫，可杜绝复发，但对患者的生理和心理影响巨大。手术过程中，如果未能彻底清除病灶，或者对卵巢组织造成一定刺激，也可能增加复发的可能性。
巧克力囊肿的复发率较高，患者和医生都需要高度重视。患者在治疗后应严格遵医嘱进行随访和管理，医生则需要根据患者的具体情况选择合适的治疗和术后管理方案，以降低复发的风险。
