第四跖骨短小症的成因包括遗传因素，其有遗传倾向，家族聚集性可能使个体患病风险增加；胚胎发育异常，孕期接触致畸因素、母体患病或胚胎自身发育调控机制紊乱等可致；内分泌因素，生长激素、甲状腺激素、性激素等水平异常会影响第四跖骨发育致其短小。
胚胎发育异常
在胚胎发育的关键时期，受到多种因素影响可能导致第四跖骨发育异常而短小。比如，母体在孕期接触某些致畸因素，如化学毒物、放射性物质等，这些因素可能干扰胚胎足部骨骼的正常发育过程，影响第四跖骨的生长和形态形成。另外，母体孕期的一些疾病状态，如感染风疹病毒等，也可能通过影响胚胎的发育环境，导致第四跖骨短小症的发生。胚胎自身的发育调控机制出现紊乱，例如相关的生长因子分泌异常等，也会使得第四跖骨在发育过程中出现短小的情况。
内分泌因素
内分泌系统对骨骼的发育起着重要的调节作用。例如，生长激素、甲状腺激素等内分泌激素的水平异常可能影响第四跖骨的发育。生长激素缺乏或分泌异常会导致骨骼生长整体受到影响，包括第四跖骨的生长，可能引起第四跖骨短小。甲状腺激素对于骨骼的生长、分化和成熟至关重要，甲状腺功能减退等甲状腺激素水平异常的情况，会干扰骨骼的正常发育进程，进而可能导致第四跖骨短小症。性激素在青春期等阶段对骨骼发育有影响，性激素水平的异常也可能间接影响第四跖骨的发育，导致其短小。
