引发灰指甲的真菌包括皮肤癣菌里的红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌，酵母菌中的白色念珠菌及近平滑念珠菌等，非皮肤癣菌性霉菌里的曲霉、青霉等，它们分别嗜角蛋白、定植侵犯甲板或在指甲微环境生长繁殖致指甲变色增厚变形等灰指甲表现。
一、皮肤癣菌
皮肤癣菌是引发灰指甲的主要真菌类型之一，其中红色毛癣菌最为常见，约占临床分离菌株的半数以上，该菌具有较强的嗜角蛋白特性，容易侵犯甲板导致灰指甲病变；须癣毛癣菌也是常见的皮肤癣菌，可引起甲板的损害；絮状表皮癣菌同样能导致指甲感染，引发灰指甲相关症状。
二、酵母菌
酵母菌中白色念珠菌是较为常见的引发灰指甲的菌种，白色念珠菌可在指甲周围皮肤或甲板定植，进而侵犯甲板造成灰指甲的发生，此外，其他一些酵母菌如近平滑念珠菌等也可能参与灰指甲的发病过程。
三、非皮肤癣菌性霉菌
非皮肤癣菌性霉菌中，曲霉（如烟曲霉等）、青霉（如绳状青霉等）等可导致灰指甲，这些霉菌会在指甲的微环境中生长繁殖，破坏甲板结构，引起指甲的变色、增厚、变形等灰指甲典型表现。
