灼口综合征一般不会恶变，其病因复杂，与局部、系统及精神心理因素有关，无恶变生物学基础，众多临床随访研究极少发现恶变病例，特殊人群需针对病因规范处理缓解症状，患者不必过度担忧但仍要积极针对可能病因规范处理以缓解症状。
病因及发病机制角度
其病因较为复杂，可能与局部因素（如残根残冠、不良修复体、真菌感染等）、系统因素（如更年期综合征、糖尿病、维生素及矿物质缺乏等）、精神心理因素（如长期焦虑、抑郁、紧张等）有关。从这些病因来看，并没有证据提示其会向恶性肿瘤转化的生物学基础。例如，针对更年期女性的灼口综合征研究发现，主要是由于体内激素水平变化引发神经递质失衡等导致疼痛等症状，而非恶变倾向；对于有糖尿病的患者出现灼口综合征，是代谢紊乱等因素影响神经功能所致，并非恶变相关机制。
临床观察与研究角度
众多长期的临床随访研究显示，经过规范的针对病因的治疗以及心理干预等，灼口综合征患者的症状多能得到改善或缓解，极少有转化为恶性肿瘤的病例报告。比如对一定数量的灼口综合征患者进行5-10年甚至更长时间的跟踪随访，未发现恶变的情况发生。
对于特殊人群，如更年期女性，要关注激素水平变化带来的影响，积极调节内分泌，同时缓解心理压力；糖尿病患者则需严格控制血糖，维持代谢稳定；有残根残冠等局部刺激因素的患者要及时处理局部病灶。总之，灼口综合征恶变的可能性极低，患者不必过度担忧，但仍需积极针对可能的病因进行规范处理以缓解症状。
