舌咽神经痛的病因包括血管压迫因素（中老年人易因异常走行血管压迫神经根部致脱髓鞘改变引发疼痛，性别无明确倾向性）、神经脱髓鞘病变（自身免疫等因素致神经脱髓鞘，正常传导功能破坏引发疼痛，机制与多种因素相关）、颅内病变因素（桥小脑角区肿瘤压迫致痛，不同年龄肿瘤概率有差异；颅内血管畸形致神经组织缺血缺氧引发疼痛，与先天性发育等因素有关）。
解剖结构相关：舌咽神经在走行过程中，若有异常走行的血管（如小脑后下动脉及其分支）压迫神经根部，是原发性舌咽神经痛较常见的原因。在人群中，血管对神经的压迫可能随着年龄增长而逐渐发生，随着血管的老化、迂曲等改变，对神经的机械性刺激增加。例如，研究发现部分患者在磁共振成像（MRI）检查中可清晰看到血管与舌咽神经的密切接触情况。这种血管压迫会导致神经纤维的脱髓鞘改变，使得神经的电信号传导发生紊乱，从而引发疼痛发作。
性别与年龄影响：一般来说，中老年人相对更容易出现血管压迫相关的舌咽神经痛，这可能与随着年龄增长血管的解剖结构改变有关。在性别方面，目前并没有明确的倾向性差异，但在实际临床中，不同性别都可能患病。
神经脱髓鞘病变
自身免疫或其他因素导致：某些自身免疫性疾病可能影响神经的髓鞘，导致舌咽神经出现脱髓鞘病变。例如，自身免疫性周围神经病可能累及舌咽神经，使得神经的正常传导功能受到破坏。另外，局部的感染、外伤等因素也可能间接导致神经脱髓鞘。当神经髓鞘受损后，神经纤维之间的绝缘性被破坏，神经冲动容易发生短路，进而产生异常的神经冲动发放，引发疼痛。这种脱髓鞘病变在不同年龄、性别人群中都可能发生，但具体机制还在进一步研究中，可能与个体的免疫状态、遗传易感性等多种因素相关。
颅内病变因素
肿瘤相关：颅内的一些肿瘤，如桥小脑角区的肿瘤（如胆脂瘤、听神经瘤等），可能压迫舌咽神经或其周围组织，从而引起舌咽神经痛。肿瘤的生长会占据局部空间，对神经产生机械性压迫，随着肿瘤的逐渐增大，这种压迫作用会更加明显。不同年龄的人群都可能发生颅内肿瘤相关的舌咽神经痛，但肿瘤的发生概率在不同年龄段有所差异，一般中老年人群相对更易患颅内肿瘤。对于有颅内肿瘤家族史或存在相关高危因素的人群，需要更加密切地进行监测。
血管畸形等其他病变：颅内的血管畸形，如动静脉畸形等，可能影响舌咽神经周围的血液循环，导致神经组织缺血、缺氧，进而引发神经功能异常，出现疼痛症状。血管畸形的发生与先天性发育等因素有关，在各个年龄段都可能存在，但具体的发病机制和个体差异还需要结合详细的检查和评估来确定。
