直肠肛管周围脓肿手术指征为脓肿形成经保守治疗无效、深部脓肿、伴有全身感染症状的脓肿，脓肿形成经保守治疗无效时，脓肿无缩小趋势甚至增大需手术，深部脓肿因易蔓延需及时手术，有全身感染症状时需手术引流控制感染源，不同年龄、性别患者处理原则有相应考量，有基础疾病患者需兼顾基础疾病治疗。
脓肿形成且经保守治疗无效：当直肠肛管周围脓肿已经形成明确的脓腔，通过抗生素等保守治疗措施，脓肿没有缩小趋势甚至继续增大时，需进行手术。例如，通过超声等影像学检查发现脓肿直径较大，且患者症状持续不缓解，如局部红肿热痛加剧、发热等全身症状持续存在，此时保守治疗难以使脓肿消退，应考虑手术。对于不同年龄阶段的患者，处理原则类似，但儿童由于其生理特点，更需密切观察脓肿变化，一旦保守治疗无效，应尽早手术，避免感染扩散影响生长发育等。
深部脓肿：深部的直肠肛管周围脓肿，如骨盆直肠间隙脓肿等，由于其位置较深，自行破溃的可能性较小，感染容易向周围组织深部蔓延，引发更严重的并发症，所以一旦确诊深部脓肿，多需及时手术。比如骨盆直肠间隙脓肿，感染可累及盆腔多个间隙，手术是引流感染灶的主要有效方式。在不同性别患者中，深部脓肿的手术指征并无本质差异，但女性患者需注意与妇科疾病的鉴别诊断后及时手术。
伴有全身感染症状的脓肿：当直肠肛管周围脓肿患者出现明显的全身感染症状，如高热（体温可高达39℃以上）、寒战、乏力等，提示感染已经扩散，全身炎症反应较重，此时单纯保守治疗难以控制感染，必须通过手术引流脓肿来控制感染源。对于有基础疾病的患者，如糖尿病患者，其自身免疫力相对较低，直肠肛管周围脓肿更容易引发全身感染，一旦出现全身感染症状，更要尽早手术，同时需控制血糖等基础疾病来促进康复。
