肛瘘主要由肛周脓肿、感染因素、损伤及其他因素引发，肛周脓肿是最常见病因，肠道炎症性疾病等感染因素可波及肛门周围，肛门部位外伤等处理不当易致感染形成肛瘘，糖尿病患者及长期用免疫抑制剂人群因抵抗力等问题也易患肛瘘。
肛周脓肿：肛周脓肿是肛瘘最常见的病因。当肛门腺感染后，炎症会向周围组织蔓延，形成肛周脓肿，若脓肿自行破溃或经切开引流后，在肛周皮肤与直肠之间会形成通道，即肛瘘。例如，儿童由于肛门腺发育相对活跃，且卫生习惯可能相对较差等因素，发生肛周脓肿进而发展为肛瘘的情况并不少见；而成年人如果存在长期腹泻、免疫力低下等情况，也容易出现肛周脓肿并引发肛瘘。对于女性而言，特殊的生理结构使得会阴部容易受到污染，也可能增加肛周感染的风险，从而导致肛瘘发生。
感染因素：除了肛门腺感染引发肛周脓肿进而形成肛瘘外，其他部位的感染也可能波及肛门周围。比如肠道炎症性疾病，像克罗恩病，其肠道黏膜的炎症可以累及肛门周围组织，引发肛瘘；还有溃疡性结肠炎患者，肠道长期处于炎症状态，也可能导致肛门局部感染，逐步发展为肛瘘。
损伤：肛门部位的外伤，如骑跨伤、肛门直肠手术等，可能会导致肛门直肠周围组织受损，如果损伤后处理不当，容易引起感染，进而形成肛瘘。例如，进行肛门直肠部位的手术时，如果手术操作过程中对组织的处理不精细，或者术后护理不佳，就可能增加感染的几率，从而引发肛瘘。老年人由于身体机能下降，组织修复能力相对较弱，在遭受肛门部位损伤后，发生肛瘘的风险可能相对较高。
其他因素：一些全身性疾病也可能与肛瘘的发生有关，如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的抵抗力下降，容易发生各种感染，包括肛门周围的感染，进而增加肛瘘的发生风险；此外，长期使用免疫抑制剂的人群，如器官移植术后患者，由于免疫力受到抑制，也容易受到细菌感染，增加肛瘘的发病几率。
