扁桃体结石主要因扁桃体隐窝内物质长期积聚钙化形成，其病因包括扁桃体隐窝结构异常（与年龄、性别、生活方式、病史有关）和细菌感染（与年龄、性别、生活方式、病史有关）。
一、扁桃体隐窝结构异常
年龄因素：儿童时期扁桃体隐窝相对较浅且较为光滑，随着年龄增长，扁桃体逐渐发育，隐窝变得深而弯曲，更容易导致分泌物等物质残留。例如，儿童扁桃体隐窝较浅时，发生扁桃体结石的概率相对较低，而成年人由于扁桃体隐窝结构的变化，更易出现结石。
性别差异：一般来说，性别对扁桃体隐窝结构的影响不显著，但在个体差异上，可能部分人群的扁桃体隐窝结构本身更易导致物质积聚。
生活方式：长期吸烟的人，烟雾中的有害物质会刺激扁桃体隐窝，导致分泌物增加且黏稠度改变，更容易使物质在隐窝内积聚形成结石。例如，长期吸烟者的扁桃体隐窝中可能会有更多的杂质残留。而口腔卫生状况差的人，口腔内的细菌等容易进入扁桃体隐窝，加上食物残渣的留存，增加了扁桃体结石的形成风险。比如不经常刷牙、漱口的人，口腔内细菌滋生，容易引发扁桃体隐窝的炎症反应，进而促进结石形成。
病史因素：有扁桃体反复炎症发作病史的人，炎症会导致扁桃体隐窝黏膜充血、肿胀，使得隐窝引流不畅，分泌物更容易潴留。例如，患有慢性扁桃体炎的患者，其扁桃体隐窝长期处于炎症状态，分泌物排出受阻，久而久之就容易形成结石。
二、细菌感染
年龄方面：儿童免疫系统相对较弱，更容易受到细菌感染，若儿童扁桃体反复受到细菌感染，也可能增加扁桃体结石的发生风险。比如儿童上呼吸道感染频繁时，细菌容易侵袭扁桃体隐窝。
性别影响：性别与细菌感染导致扁桃体结石的直接关联不大，但不同性别在免疫力等方面可能存在差异，从而间接影响细菌感染后扁桃体结石的发生概率。例如，女性在生理期等特殊时期免疫力可能会有波动，相对更容易受到细菌感染，若此时扁桃体受到细菌感染，就可能增加结石形成风险。
生活方式：生活不规律、过度劳累等不良生活方式会降低机体免疫力，使身体更容易受到细菌感染。比如长期熬夜的人，免疫力下降，扁桃体隐窝内的细菌更容易繁殖，进而促进结石形成。
病史因素：既往有细菌感染未彻底治愈的病史，会使细菌在扁桃体隐窝内持续存在，不断刺激隐窝，导致分泌物等物质积聚形成结石。例如，曾经有过严重的扁桃体细菌感染但未完全治愈，残留的细菌会持续影响扁桃体隐窝的环境，增加结石形成的可能性。
