肛瘘有肛周反复肿痛、有脓性等分泌物流出、肛周瘙痒等症状表现，需询问肛周脓肿病史，直肠指检可摸到硬结等，探针可探瘘管走行等，超声、MRI等影像学检查有助于诊断肛瘘，尤其MRI对复杂肛瘘等诊断准确，对不同患者群体检查有相应注意事项。
病史询问
要询问患者是否有肛周脓肿的病史，因为大部分肛瘘是由肛周脓肿发展而来的。如果曾经有过肛周脓肿发作，之后出现了上述的症状，那么患肛瘘的可能性就比较大。
直肠指检
医生进行直肠指检时，可在肛管或直肠壁摸到硬结或条索状硬物，按压时有压痛，有时还能摸到瘘口。通过直肠指检可以初步判断肛瘘的位置等情况，但对于复杂肛瘘可能需要结合其他检查进一步明确。
探针检查
用探针从肛瘘外口探入，顺着瘘管走向探查，可了解瘘管的走行方向、内口位置等，但操作时要轻柔，避免造成假道。
影像学检查
超声检查：能够帮助医生判断肛瘘瘘管的位置、与周围组织的关系等，对于复杂肛瘘的诊断有一定价值，它可以清晰地显示出肛瘘的瘘管形态等情况。
磁共振成像（MRI）：是诊断肛瘘比较准确的方法之一，它可以多平面成像，清晰地显示肛瘘的瘘管情况、内口位置以及与周围组织如括约肌等的关系，尤其对复杂性肛瘘的诊断有重要意义。对于女性患者，特别是妊娠期等特殊时期，MRI相对比较安全，能较好地为诊断提供依据。对于儿童患者，MRI检查也可以在必要时进行，但要注意检查过程中的固定等事宜，确保检查顺利进行。
