肛门疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，HSV-2是主要病原体，传播途径有性接触传播、母婴传播、间接接触传播，性活跃青壮年期人群感染风险高，生活方式不检点易感染，既往有疱疹感染病史者免疫力下降时易复发。
性接触传播：这是最主要的传播方式。在性活跃人群中，与感染单纯疱疹病毒的性伴侣发生无保护的性行为时，病毒可通过皮肤或黏膜的直接接触感染肛门周围区域。无论男女，只要有不洁的性接触史，都有可能感染肛门疱疹。例如，有多个性伴侣、近期新发生性行为且未采取安全防护措施的人群，感染风险明显升高。
母婴传播：感染单纯疱疹病毒的母亲在分娩过程中，胎儿经过产道时可能会接触到病毒，从而引起新生儿肛门疱疹或其他部位的疱疹感染。这种传播方式主要发生在母亲初次感染或复发型感染但宫颈部位有病毒shedding时。对于孕期感染单纯疱疹病毒的孕妇，需要密切监测，以采取相应措施降低新生儿感染风险。
间接接触传播：虽然相对少见，但也有可能发生。例如，使用了被患者污染的毛巾、浴巾、马桶座圈等物品，在皮肤有细微破损的情况下，病毒可能会通过接触传播到肛门部位。不过，这种传播方式的概率较低，通常需要接触到大量的病毒且皮肤有合适的侵入途径才会发生感染。
从年龄方面来看，任何年龄段都有可能感染肛门疱疹，但性活跃的青壮年期人群由于性接触机会多，感染风险相对较高。在性别方面，男性和女性感染风险并无绝对差异，只要有上述高危行为都可能患病。从生活方式角度，如果生活方式不检点，有高危性行为等，会显著增加感染单纯疱疹病毒的概率；而生活方式较为健康、性行为规范的人群感染风险相对较低。对于有既往疱疹感染病史的人群，身体免疫力下降等情况下容易复发肛门疱疹，例如患有其他严重疾病、长期熬夜、过度劳累、精神压力过大等导致免疫力降低时，体内潜伏的单纯疱疹病毒可能会被激活，引起肛门疱疹的复发。
