注射宫颈癌疫苗可能出现局部副作用如接种部位疼痛等、全身副作用如乏力等，妊娠期女性不建议接种，哺乳期女性可接种但接种前最好咨询医生，过敏体质者禁忌接种，免疫功能低下者接种需评估必要性和风险。
全身副作用
常见全身反应：可能出现乏力、头痛、发热等全身症状。发热多为低热，一般体温在37.5℃-38.5℃左右，少数人可能会出现中度发热。有研究表明，接种某些宫颈癌疫苗后，约有一定概率出现乏力症状，多数受种者的乏力症状较为轻微，持续时间较短。
特殊人群情况
妊娠期女性：妊娠期女性不建议接种宫颈癌疫苗。因为目前关于宫颈癌疫苗对妊娠期女性及胎儿的影响研究相对有限，为了避免可能存在的潜在风险，妊娠期女性应避免接种。
哺乳期女性：哺乳期女性可以接种宫颈癌疫苗。虽然疫苗成分可能会少量进入乳汁，但目前没有证据表明会对婴儿造成不良影响，但在接种前最好咨询医生，以获得更专业的建议。
过敏体质者：对疫苗成分过敏的人群禁忌接种宫颈癌疫苗。如果受种者既往对接种疫苗的某些成分有严重过敏史，如对疫苗中的蛋白质等成分过敏，那么接种宫颈癌疫苗可能会引发严重的过敏反应，如过敏性休克等，因此这类人群不能接种。
免疫功能低下者：免疫功能低下者接种宫颈癌疫苗的效果可能会受到影响，且接种后出现不良反应的风险可能增加。例如，患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，接种宫颈癌疫苗后，机体可能无法产生足够有效的免疫应答来产生保护性抗体，同时发生不良反应的概率可能高于免疫功能正常者，这类人群接种前需咨询医生，评估接种的必要性和风险。
