扁桃体结石主要因扁桃体隐窝长期慢性炎症致物质堆积及钙盐沉积形成，长期不注意口腔卫生人群易患，儿童因扁桃体大、吞咽功能不完善、口腔卫生差及免疫系统弱等易患，既往扁桃体炎反复发作病史者因隐窝炎症更易形成。
从生活方式角度来看，长期不注意口腔卫生的人群，口腔内细菌滋生较多，更容易导致扁桃体隐窝内的物质堆积，从而增加扁桃体结石形成的风险。比如，那些很少刷牙、不经常漱口的人，口腔卫生状况差，扁桃体隐窝内的污垢积累更快。
对于儿童来说，儿童的扁桃体相对较大，且吞咽功能等发育还不够完善，食物残渣等更容易在扁桃体隐窝内残留。如果儿童口腔卫生不佳，又喜欢吃一些容易残留的食物，如糖果、饼干等，就会进一步增加扁桃体结石形成的可能性。而且儿童的免疫系统相对较弱，扁桃体容易受到炎症刺激，也会促进结石的形成。
从病史方面讲，如果既往有扁桃体炎反复发作的病史，扁桃体隐窝的炎症会更加明显，隐窝的结构可能会因为炎症而变得更狭窄，使得脱落细胞和其他物质更难排出，进而促进结石的形成。例如，有过多次急性扁桃体炎发作的患者，其扁桃体隐窝长期处于炎症状态，更易形成结石。
