低位肛瘘治疗方法主要有手术和非手术，非手术难根治仅辅助，手术是主要方式，包括适用于单纯性低位肛瘘的瘘管切开术和常用的挂线疗法，治疗时需考虑患者年龄等因素，儿童患者要注意手术对生长发育影响，选创伤小恢复快方式并加强术后护理，成年患者依病情选合适术式并做好术后康复。
非手术治疗：非手术治疗通常难以彻底治愈低位肛瘘，仅能起到缓解症状等辅助作用。比如对于一些身体状况较差，无法耐受手术的患者，可在医生指导下使用抗感染药物控制感染等，但这只是暂时缓解，不能根治疾病。
手术治疗
瘘管切开术：适用于单纯性低位肛瘘。手术时将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。该手术操作相对简单，能直接切开瘘管，促进愈合，但对于复杂情况可能不太适用。在儿童患者中，由于其组织修复能力相对较强，术后恢复可能相对较快，但也需要注意术后的护理，保持局部清洁等。
挂线疗法：也是治疗低位肛瘘常用的手术方法。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线疗法的优点是不会造成肛门失禁，因为橡皮筋缓慢切割瘘管，在切割的过程中，局部组织会产生炎性粘连，使切断的肌肉与周围组织粘连，从而防止肛管直肠环突然断裂回缩而引起肛门失禁。对于儿童患者，挂线疗法也较为适用，相对创伤较小，能较好地控制手术的损伤程度。
在治疗低位肛瘘时，需要充分考虑患者的年龄、身体状况等因素。对于儿童患者，要特别注意手术对其生长发育的影响，选择相对创伤小、恢复快的手术方式，并加强术后的护理，包括保持肛周清洁、合理饮食等，以促进伤口愈合。同时，对于成年患者，也需要根据其具体病情选择合适的手术方式，并在术后做好康复工作，如按时换药等。
