肛瘘主要由肛周脓肿发展而来，肛门腺感染是重要原因，其受年龄、性别、生活方式、病史等因素影响，此外结核杆菌感染、肛管直肠恶性肿瘤等也可能引发肛瘘，总体是肛门腺感染致肛周脓肿未妥善处理形成，多种因素起作用。
肛门腺感染
年龄因素：儿童和青少年相对来说肛门腺发育比较活跃，更容易发生肛门腺感染。儿童的免疫系统尚在发育中，肛门局部卫生若不佳，如大便后清洁不彻底等，就容易引发肛门腺感染。而老年人肛门腺功能有所减退，但如果有基础疾病，如糖尿病等，会影响机体的抵抗力，也可能导致肛门腺感染进而引发肛瘘。
性别因素：一般没有明显的性别差异导致肛门腺感染的倾向性，但从临床实际情况看，男性由于肛门腺相对更为发达，在一些情况下可能相对更易发生肛门腺感染相关的肛周脓肿及后续的肛瘘。不过这也不是绝对的，女性如果不注意肛门局部卫生等同样会发生肛门腺感染。
生活方式：长期久坐、不爱运动的人，肛门局部血液循环不畅，肛门腺分泌物容易潴留，增加肛门腺感染的风险。另外，长期饮酒、食用大量辛辣刺激性食物的人，会刺激肛门局部，导致肛门腺分泌旺盛且容易发生感染。还有不注意肛门局部清洁的人，粪便等污垢容易污染肛门周围，滋生细菌，引发肛门腺感染。
病史因素：有肛门直肠周围炎症性疾病病史的人，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，这些疾病会影响肛门直肠局部的正常生理功能，使肛门直肠周围组织更容易受到感染，进而发展为肛瘘。另外，有肛门外伤史的人，外伤可能会导致肛门直肠周围组织损伤，为细菌入侵创造条件，增加肛瘘发生的可能性。
其他因素
结核杆菌感染：结核杆菌感染也可引起肛瘘，不过相对比较少见。如果患者有结核病史，或者接触过结核患者，结核杆菌可侵犯肛门直肠周围组织，导致肛瘘形成。这种情况下，除了肛瘘的表现外，往往还会伴有结核的全身症状，如低热、盗汗、乏力等。
肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠恶性肿瘤晚期可能会侵犯周围组织，导致肛瘘形成，但这也是相对少见的情况。肿瘤组织坏死、感染后向周围蔓延，可形成类似肛瘘的病变。
总之，肛瘘的形成主要与肛门腺感染后发展为肛周脓肿，进而未得到妥善处理有关，同时年龄、性别、生活方式、病史等多种因素都可能对肛瘘的发生起到一定的作用。
