肛门易长尖锐湿疣的原因包括：性行为方面，同性和异性性行为中均易因黏膜破损等感染HPV；局部环境方面，温暖潮湿环境利于病毒生存繁殖，局部皮肤黏膜有基础病变时更易感染；免疫因素方面，免疫力低下人群清除病毒能力弱，易感染并发展为肛门尖锐湿疣。
性行为因素
同性性行为：男性同性性行为中肛门直肠黏膜相对脆弱，在性行为过程中容易发生微小破损，而HPV病毒容易通过这些破损处侵入细胞内从而引发感染。研究表明，男男性行为者中肛门尖锐湿疣的发生率较高。对于男性同性性行为者这一特殊人群，需要更加注意性行为的防护，减少肛门部位感染HPV的风险。
异性性行为：在异性性行为中，肛门也可能因为接触到携带HPV的性伴侣的生殖器而感染病毒。女性的阴道、宫颈等部位感染HPV后，在性行为过程中，肛门周围皮肤黏膜可能会接触到病毒而被感染。不同性别的人群都可能因为无保护的异性性行为而使肛门成为HPV的感染部位。
局部环境因素
温暖潮湿：肛门部位通常相对温暖且潮湿，这种环境适宜HPV病毒的生存和繁殖。潮湿的环境会使皮肤黏膜的抵抗力相对下降，有利于病毒的定植和感染过程的发生。无论是男性还是女性，肛门部位的这种温暖潮湿环境都为HPV感染提供了有利条件。
局部皮肤黏膜状态：如果肛门局部皮肤黏膜存在一些基础病变，如肛裂等，会进一步破坏皮肤黏膜的完整性，使得HPV更容易侵入。对于本身有肛门局部皮肤黏膜基础病变的人群，如患有肛裂的患者，感染尖锐湿疣的风险相对更高，需要积极处理基础病变以降低感染风险。
免疫因素
免疫力低下：某些人群由于自身免疫力低下，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，或者长期使用免疫抑制剂的人群，对HPV病毒的清除能力减弱，更容易感染HPV并发展为肛门尖锐湿疣。例如，艾滋病患者由于免疫系统受到严重破坏，机体无法有效对抗HPV感染，肛门部位感染尖锐湿疣的几率大幅增加。对于这类免疫力低下的特殊人群，除了针对尖锐湿疣进行治疗外，还需要积极治疗基础疾病以提高免疫力。
