肛门里的尖锐湿疣可能被误诊为痔疮，因二者在外观、症状有相似处，不过可通过详细病史询问（如有无不洁性生活史）及醋酸白试验、病理检查等进一步检查手段来避免误诊，不同人群诊断时都需遵循这些鉴别方法。
两者的相似之处
外观方面
尖锐湿疣通常是淡红色小丘疹，逐渐增大增多，可呈菜花状、乳头状、鸡冠状等外观。而痔疮中的外痔如果有血栓形成或炎症水肿时，也可能表现为肛门局部的肿物，从外观上看有时可能有相似之处。比如外痔的炎性水肿，也会是肛门局部的肿胀突起，和部分尖锐湿疣的外观有一定混淆性。对于一些经验不足的医生，仅从外观初步判断可能会有误。
内痔部分患者如果脱出肛门外，也可能被误认。内痔脱出时有时表现为肛门内的肿物，这与生长在肛门里的尖锐湿疣的肿物表现有相似性，容易让医生在初步观察时产生混淆。
症状方面
尖锐湿疣患者一般会有肛门部位的异物感，部分人可能会有瘙痒感，偶有疼痛或出血。痔疮患者也常出现肛门异物感、瘙痒、便血等症状。例如，痔疮患者便血多为鲜红色，点滴状或喷射状出血，尖锐湿疣患者也可能出现便血情况，这在症状上也有相似之处，容易导致误诊。
避免误诊的措施
详细的病史询问
医生需要详细询问患者的病史，包括有无不洁性生活史等。尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，多通过性接触传播，而痔疮的发生主要与肛门直肠部位的静脉丛曲张、肛垫下移等因素有关，与不洁性生活无直接关联。如果能详细询问出患者有不洁性生活史，就会提示更倾向于尖锐湿疣的可能，而不是单纯的痔疮。
进一步的检查手段
醋酸白试验：将3%-5%的醋酸溶液涂抹在疑似病变部位，如果是尖锐湿疣，病变部位会变白，而痔疮一般不会出现这种情况。但醋酸白试验也有一定的假阳性和假阴性，需要结合其他检查综合判断。
病理检查：这是诊断的金标准。通过取病变组织进行病理切片检查，可以明确区分尖锐湿疣和痔疮。病理下尖锐湿疣可见特征性的挖空细胞等病理改变，而痔疮有其自身的病理表现，如痔组织的静脉丛曲张、炎症细胞浸润等不同表现。对于一些难以初步区分的肛门里的病变，病理检查是非常必要的，可以准确鉴别诊断。
对于不同年龄、性别的人群，在诊断过程中都需要遵循上述的鉴别诊断方法。比如女性患者如果发现肛门里有异常肿物，在询问病史时要特别关注其性生活情况；对于儿童，如果出现肛门部位的异常病变，虽然儿童患尖锐湿疣相对较少，但也需要考虑到是否有特殊的传播途径等情况，通过详细检查来鉴别是尖锐湿疣还是其他肛肠疾病如痔疮等。
